台灣不是南海仲裁的當事方，卻成了仲裁結果的受害者。太平島淪為礁，台灣內部群情激憤，隨即又墮入藍綠惡鬥的漩渦中相互指摘。馬英九執政八年，加上蔡英文上任兩個月的親美政策受到了嚴重的打擊，台灣內部忙着宣洩情緒，但最重要的應是要維護權益，加強在南海的軍艦巡視，展現護主權及護漁權的決心，並且要有打國際宣傳戰和國際法律戰的長期準備。
此外，將中華民國降格為「中國台灣當局」更是台灣難以接受的境遇，為此蔡英文政府表示決不放棄南海主權，決心抗戰到底。
另一方面，中國大陸宣稱的「九段線內為歷史性水域」，遭國際仲裁否決，而台陸委會與內政部所發出的聲明中，只提到一九四七年接收而劃定南海諸島位置圖，而未明確表明U形線、十一段線以及歷史性水域，就是不希望讓國際間誤解台灣與大陸聯手。
北京警告台灣放棄南海十一段線後果嚴重，蔡政府擔心被誤認是兩岸聯手，而美國也不斷透過參眾議員及智庫學者向台表示，希望新政府放棄宣示十一段U形線的立場，以與中國大陸的宣示脫鈎。但新政府自己的主張，及不放棄U形線的主張也不會刻意主動提出，面對南海主權的立場是「不強調、不否認、不放棄」。
故此，民進黨政府的立場必然會引致北京的撻伐，過去北京亦壓制台灣，逼其不可參與聲索國的交涉。這一強硬立場實很難換取台灣的合作，而且台灣更有被矮化為「中國台灣」之虞。
台灣希望達到與聲索國平等協商，能否實現乃為關鍵。而國民黨智庫成員則呼籲兩岸聯手合作，共同面對南海仲裁爭議，嘴巴上互相支持一下，以突破兩岸僵局，看來是知易行難。