6月30日杜特尔特宣誓就职。据新加坡《海峡时报》报道，杜特尔特就职典礼力求简单，只有大约600名亲友、各国使节及商界人士受邀参加。杜特尔特在约15分钟的致词中主要讲了国内问题。他表示，解决贪污、街头犯罪以及毒品泛滥的问题，不是竞选口号，而是人民心中的吶喊。他重申将“毫不留情”和“持续”地向犯罪宣战，并警告官员他不会容忍贪腐行为。他已指示所有政府部门简化繁文缛节，推动程序透明化。此外，他也将全力促进菲律宾南部和平。
杜特尔特的就职演讲中只字未提“南海”，也没有谈到与中国或与美国的外交关系。但据当地媒体报道，在当天晚些时候召开的新内阁第一次会议上，针对海牙南海仲裁案结果可能有利于菲律宾的情况，杜特尔特警告说，马尼拉将避免作出任何“讽刺或炫耀的决策”，他说，他不想“将国家置于尴尬的境地”，“如果我们可以拥有和平，我会为之感到高兴。”
另据路透社报道，杜特尔特在内阁会议上表示，他希望和中国在南海的争议能够“软着陆”。菲律宾新外长亚塞称，他在会上拒绝了向中国发表严厉声明的建议，他同时对菲律宾赢得仲裁的意义表示怀疑：“我想中国还是会继续驱赶在黄岩岛捕鱼的我国渔民。”
当天习近平主席向杜特尔特致电祝贺其出任菲律宾第16任总统。习近平在贺电中表示：中菲两国是搬不走的邻居，睦邻友好是两国关系上千年的历史传承，也是必须坚持的正确方向。今天，中菲关系发展面临着重要机遇，我愿同总统先生共同努力，推动中菲关系走向改善，实现健康稳定发展。
针对菲新防长多尔芬此前表示“打击激进分子要优于解决南海领土争端”，“美国之音”分析称，多尔芬的这番讲话“令人更加不明确杜特尔特政府将如何对待与中国的南海主权争端”。文章称，杜特尔特已被指在这个问题上“摇摆不定”。他在竞选时展示了对中国的强硬立场，但最近又表示当选后将“首访中国”，现在他甚至不愿公开对南海问题发表评论，而表示必须等到仲裁裁决后才会发表声明。新加坡东南亚研究所研究员库克对美国福克斯新闻网分析说，如果菲律宾在南海问题上对美国的支持打折扣，对美国将是麻烦事。
日本《朝日新闻》6月30日称，杜特尔特没有外交经验，包括日本在内的周边国家都因为无法预测他在南海问题上的做法而感到不安。《产经新闻》同天称，杜特尔特政府在南海问题上表现出和中国进行对话的政治姿态，对包括日本在内的亚太安全保障环境可能造成影响。还有看法认为，杜特尔特讨厌美国。日本国际问题研究所主任研究员小谷哲男在日媒发表文章称，杜特尔特总统就任后，美菲同盟将会受到影响。目前已显示出他因为优先考虑经济利益，转变对华政策的可能性。如果杜特尔特采取与中国融合的政策，美菲同盟会再次陷入困难期，如果美国选出特朗普担任总统，美菲同盟就可能崩溃，那就为中国将南海变成“自国之湖”扫清障碍。
“中国已经做好了迎接杜特尔特的准备。”美国《国家利益》杂志评论称，新任菲律宾总统与其前任阿基诺的对华态度有180度大转弯，中国现在正在乐观地看着菲律宾的政治气候演变。《菲律宾每日问询者报》6月29日称，尽管仲裁结果马上就将公布，菲律宾新政府对中国态度继续友好，他们已经抛出橄榄枝，希望同中国一起联合开展项目。
不过，菲律宾《马尼拉公报》6月30日称，菲律宾很难放弃和美国长期以来形成的亲密关系，特别是在防务领域，菲律宾依然依赖美国的保护伞。菲专栏作家卡普南也在菲《旗帜报》撰文说，只要外国军事基地在菲律宾领土上存在一天，菲律宾就不会有独立的外交政策，杜特尔特在重新规划外交政策方面就会面临困难。