对农村贫困人口的健康扶贫虽好，但财政的负担很大。首当其冲的是加大公共卫生的投入，此外还需要改善医疗水平、提高新农合等医保基金的效率等。
近日，国家卫计委发布《关于实施健康扶贫工程的指导意见》（下称“意见”），提高医疗保障水平，减轻农村贫困人口医疗费用负担，避免因病致贫，对患大病和慢性病的农村贫困人口进行分类救治，实行县域内农村贫困人口住院先诊疗后付费等。
目前中国基本医疗保险已经覆盖了95%以上的人口，包括面向在职人员的职工医保、参保人数约2.89亿（2015年底，以下同），面向城市非就业的城镇居民医保，参保人数约3.77亿，以及面向农民的新型农村合作医疗（新农合），参保人数超过8亿（有人同时参加了两种医保）。
这三类医保中，面向农民的新农合历史比较短。新农合建立以前，农民看病基本上是自费的，而农民收入又长期处于低位，家庭中有一个人生一场大病，就会让整个家庭陷入困顿。新农合建立以后，国家财政不断提高对新农合的投入，到2014年时，财政对新农合的补贴就超过2700亿，合人均340元，农民大病和住院费用的报销比例达到75%，是近些年来民生项目中的一个亮点。
但新农合面临筹资水平低、保障水平低等诸多难题。新农合实施后，农民的医疗负担仍然挺重。根据《中国居民营养与慢性病状况报告（2015）》的数据，中国居民因慢病造成的死亡数，已占居民总死亡数的88.38%，并且处于上升趋势，此外农村的心血管病等病症的死亡率还要高于城市。糖尿病、尿毒症等慢病、大病花费惊人，例如尿毒症需要的血液透析，即使有新农合及其大病保险的双重报销，每个月仍然需要1500元左右；可2014年农民人均可支配收入却仅为10489元，农民基本还是负担不起。这也是国家提出健康扶贫、减轻农村贫困家庭治病负担的背景。
对农村贫困人口的健康扶贫虽好，但财政的负担很大。参加城镇基本医保有6.7亿人，2015年医保支付了9300余亿，人均1388元，如果按照这个标准，新农合的支付规模要超过1万亿，财政要负担其中的八成，现有国家财政的财力显然无法达到。所以健康扶贫还需要有其他方面的制度安排来降低支付压力。
首当其冲的是加大公共卫生的投入，强化对重大传染病、地方病和慢性病的防治。中国慢性病高发的背景是居民收入提高，但饮食与用药习惯并没有及时调整，长期摄入高脂肪高盐的食物，触发糖尿病、心血管病等慢性病，在慢性病的用药上，由于公共卫生教育的缺乏，长期使用肝毒性、肾毒性较强的药物，也是尿毒症等患者的主要病因。慢性病、大病的防治可以有效降低居民和财政的医疗费用支出，还提高了居民的生活品质，值得加大投入。
其次，需要改善医疗水平、提高新农合等医保基金的效率，增加医保基金作为医疗费用支出方的话语权，制止医院的违规用药。尽管各个医疗协会组织制定了不同病种的诊疗指南，规范医生医院的治疗行为，但以药养医等医疗体制的问题造成了错误的激励，导致有些医生、医院现在还是倾向于多开药，或者开回扣高但疗效小的药。
要解决这些问题，需要从医疗体制的多个环节入手，如药品研发与生产的品质监管，完善按病种、按人头、按床日付费等多种方式相结合的复合型支付方式，有效控制费用。这些制度上的“补丁”都打好了，贫困农民才能真正享受到“先看病后付费”。